Setelah tidak lagi menjabat sebagai kepala pemerintahan, Sjahrir tetap aktif dalam politik nasional melalui Partai Sosialis Indonesia (PSI). Partai tersebut kemudian dibubarkan oleh Presiden Soekarno pada 1961 di tengah perubahan sistem politik menuju Demokrasi Terpimpin.
Pada 16 Januari 1962, Sjahrir ditangkap di kediamannya di Jakarta. Penangkapan itu merupakan bagian dari operasi pemerintah terhadap sejumlah tokoh politik yang dituduh terlibat dalam komplotan untuk merencanakan pembunuhan Presiden Soekarno.
Berdasarkan catatan sejarah yang dihimpun Historia dan Ikatan Keluarga Pahlawan Nasional Indonesia (IKPNI), Sjahrir awalnya ditahan di Jakarta sebelum dipindahkan ke Rumah Tahanan Militer Madiun, Jawa Timur. Ia kemudian kembali dipindahkan ke Jakarta pada 1965.
Kondisi kesehatan Sjahrir terus memburuk selama menjalani penahanan. Pemerintah akhirnya mengizinkannya menjalani pengobatan ke Zürich, Swiss, pada 21 Juli 1965. Meski telah meninggalkan Indonesia untuk berobat, keberangkatannya tidak serta-merta mengakhiri status penahanannya. Sjahrir tetap berstatus tahanan politik ketika berada di Swiss.
Sjahrir meninggal dunia di Zürich pada 9 April 1966. Pada tanggal yang sama, pemerintah menetapkannya sebagai Pahlawan Nasional melalui Keputusan Presiden Nomor 76 Tahun 1966.
3. Mohammad Natsir, Ditahan dalam Pergolakan PRRI
Mohammad Natsir merupakan tokoh nasional asal Alahan Panjang, Kabupaten Solok, Sumatera Barat. Ia lahir pada 17 Juli 1908 dan dikenal sebagai tokoh pergerakan Islam, pendiri Partai Masyumi, serta Perdana Menteri Republik Indonesia periode 1950–1951.
Hubungan politik Natsir dengan pemerintahan Presiden Soekarno mengalami ketegangan seiring perubahan sistem politik nasional pada akhir 1950-an. Natsir termasuk tokoh yang menentang arah Demokrasi Terpimpin dan pembubaran Partai Masyumi.
Ketegangan tersebut semakin meningkat ketika Natsir terlibat dalam Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia (PRRI). Pemerintah pusat kemudian menangkap Natsir pada 1960 dengan tuduhan keterlibatan dalam pergolakan tersebut.
Berdasarkan catatan Ikatan Keluarga Pahlawan Nasional Indonesia dan Ensiklopedia Islam, Natsir menjalani karantina politik di Batu, Malang, pada 1960–1962. Setelah itu, ia dipindahkan ke Rumah Tahanan Militer Keagungan di Jakarta.
Natsir menjalani penahanan hingga 1 Juli 1966. Ia dibebaskan setelah berakhirnya pemerintahan Orde Lama, tanpa melalui proses pengadilan yang menghasilkan putusan pidana terhadap dirinya.
